Durant la Seconde Guerre mondiale, William B.J. Blazkowicz était le meilleur agent du BAS (Bureau des Actions Secrètes), une agence américano-britannique responsable du démantèlement d'opérations de recherches occultes servant l'effort de guerre allemand. Alors que le célèbre Général Wilhelm "Le Boucher" Strasse tenta de se servir de la puissance de la "Dimension du Soleil Noir", B.J. parvint à infiltrer le royaume onirique pour détruire l'appareil destiné à alimenter la machine infernale du Boucher. Après une explosion qui plongea B.J. dans le coma pendant 14 ans, il se réveille dans un monde dominé par les nazis. B.J. jure alors de faire sortir la résistance de l'ombre et de détruire ce régime maléfique.